经常半夜3点多醒来的原因，大致包括以下几方面：

1.长期不规律的睡眠结构所致。例如午睡时间过长或者晚上睡觉的时间过早等，导致夜间睡眠结构紊乱，可表现出上述不适症状。建议平时合理安排睡眠时间，确保夜间优质睡眠。

2.植物神经功能紊乱引起。与长时间不良的情绪，工作过于繁忙以及生活压力过大等因素有关。建议及时查找原因给予及时纠正，以改善上述不适症状。

3.身体不舒服所致。例如慢性消耗性疾病或者恶性肿瘤等，导致机体出现疼痛症状影响夜间睡眠，可以表现出上述症状，建议及时就诊并治疗原发病。