巧克力囊肿一般不会消失的，因为巧克力囊肿不同于生理性囊肿，需要经过临床的治疗才会消失。

巧克力囊肿是一种子宫内膜异位症的表现，是指子宫内膜异位到卵巢而引起患者出现一系列症状，因为巧克力囊肿会随着月经来临而出血，所以是很难自行消失的。

如果巧克力囊肿在5cm以下一般不会引起明显的临床症状，此时可以不做特殊的处理。当直径超过5cm则需要在医生的指导下进行药物或手术治疗，因为很可能会影响到卵泡的发育，造成一些严重后果。