两只眼睛瞳孔不一样大，有可能是因为外伤导致的一个眼睛受伤，引起的瞳孔括约肌麻痹，就可导致瞳孔不一样大。

近视的情况。一个眼睛近视，患者的精神状态比较紧张，也能出现两个瞳孔不一样大。

动眼神经麻痹导致。因为动眼神经中副交感神经纤维是支配瞳孔括约肌，使瞳孔处于在正常的状态下。如果要是受到病毒感染，就可能会导致副交感神经纤维处于异常功能状态，就会出现两个瞳孔不一样大。

药物使用的错误。比如一个眼睛使用了血酮的药物，另一个眼睛使用了散瞳的药物，这时候两个眼睛的瞳孔就会不一样大。一只眼睛使用了缩瞳药物，另一只眼睛没有应用任何药物，或者是一只眼睛应用了三种药物，另一只眼睛没有应用任何药物。这样两个眼睛的瞳孔也会出现不一样大。