包茎手术后可能会引起泌尿生殖系统感染、切口出血、切口不愈合、延迟愈合、系带过短影响勃起等后遗症。

包茎本身导致包皮垢的形成，术中不注意无菌原则等容易导致切口发生感染，如果炎症上行还可以引起泌尿生殖系统的感染，感染容易导致切口不愈合、延迟愈合，甚至形成脓肿。

术中止血不彻底，术后过早行性生活等相关原因，容易导致切口出血，也可以引起阴茎血肿，如果手术过程中系带处切除过多，当发生勃起时，由于脐带过短可以导致勃起时疼痛，需要再次手术治疗。