小儿甲基丙二酸血症的治疗如下：

第一，药物治疗。治疗本病常用的药物是维生素b12、维生素b6以及甜菜碱等，能够有效地降低患儿体内甲基丙二酸的水平，促进蛋白质成分的合成和分解。

另外，还要适当地应用左旋肉碱，促进患儿体内甲基丙二酸的排泄，有助于缓解患儿症状。具体用药要以医生医嘱为准，避免擅自用药或者停药，以确保患儿得到有效的治疗。

第二，饮食疗法。主要是通过限制患儿氨基酸的摄入，减少体内代谢产物堆积，建议适当地给患儿食用特殊配方奶粉。