肛裂和肛管粘膜损伤的主要区别在于病变的部位以及深度。肛裂大多位于肛门的前后正中位置，肛裂的裂口大多比较深，可深达内括约肌，而裂口周围会形成纤维增生，裂口为慢性的溃疡，通过药物的使用并不能使裂口愈合，还有可能会形成肛裂三联征，也就是外面的哨兵痔、里面的肛乳头肥大和慢性溃疡的裂口，肛裂大多需行手术治疗才能治愈。而肛管粘膜的损伤可以发生肛门任何部位，损伤比较浅表，通过使局部使用药物大多可以使损伤的创口愈合。