脑干损伤是非常严重的，这个可以出现很多并发症。其中最常见的是肺部的坠积性肺炎。因为脑干损伤一般会出处于昏迷状态，这样自己无法咳痰，就容易出现肺部的痰液聚积，从而形成感染。另外也可以出现上消化道出血，这是因为严重的脑损伤所引起的应急性溃疡所致。此外会因为长时间的瘫痪导致出现肌肉的萎缩、肌张力的增高以及关节的僵硬。也容易因为长时间的卧床不活动而出现下肢静脉血栓。

此外，还可以因为脑的受损出现智力的低下、反应迟钝等。

脑干损伤早期需要积极的治疗，用一些消肿脱水和营养神经药物，另外要注意预防并发症。短时间无法清醒的需要做气管切开，同时需要用奥美拉唑抑制胃酸分泌，预防溃疡出现。