原发性脑干损伤是非常严重的，最常见的并发症是坠积性肺炎、上消化道出血。原发性脑干损伤大多数会处于深昏迷状态，导致无法自行咳痰，容易出现肺部的坠积性肺炎。另外还可以引起消化道的应激性溃疡，从而引起消化道出血。

在脑干损伤以后，要注意积极的预防。首先要按时的翻身拍背促进排痰，另外可以用奥美拉唑等抑制胃酸分泌，此外像肌肉的萎缩、关节僵硬、静脉血栓等，也是常见的并发症。要多帮助肢体活动，多进行肢体的伸屈动作，多做按摩和热敷处理，能够起到一定的预防作用。