原发性脑干损伤往往病情比较重，这种情况下就有可能会出现各种各样的并发症。因为患者有时候会长期昏迷、长期卧床，这样就可能会并发出现肺部的感染情况，出现最急性的肺炎，出现下呼吸道感染的现象。

另外，还有一些患者长期卧床可能会并发褥疮的问题，需要积极的翻身、拍背、吸痰、抗感染治疗才能够缓解改善症状。另外，有些原发性损伤的患者有可能会出现上消化道的出血、应激性溃疡的并发症；还有一些患者会出现水、电解质紊乱等的现象，表现为低钠、低钾或者是高钠、高钾等的情况。

另外，有些人有可能会合并有中枢性的发热，或者是癫痫发作等并发症。