巧克力囊肿会影响排卵的。

巧克力囊肿是子宫内膜异位至卵巢部位的病理表现，正常情况下，卵巢每个月会有排卵的现象。从微观角度分析，是卵泡逐渐长大，并且其位置也是随之出现从卵巢深部移至卵巢表面并排出。而如果子宫内膜异位至卵巢后，病灶覆盖在卵巢表面，影响了其正常的卵子排出。久而久之，覆盖病灶逐渐增多，破坏的卵巢组织逐渐由浅至深，最后影响了排卵。

所以，巧克力囊肿常常出现不孕的现象，需要在治疗的同时，针对有生育要求的女性，建议给予促排卵的药物治疗，并在怀孕之后给予黄体支持治疗。