肝内胆管结石也会引起梗阻，通常情况下它引起梗阻的几率要远低于肝外胆管结石。

因为肝内胆管的分支众多，其中一段分支堵塞，其他分支仍然可以代偿。

胆结石的位置越靠下，越接近胆总管越容易引起梗阻。因为胆管越往下分支越少，由肝内许许多多的细胆管，逐渐汇合变粗，最后由左右肝管向下通向肝总管，肝总管和胆囊管最后汇合成胆总管。如果胆总管被结石堵塞，引起梗阻的概率就相当高。