肛瘘内口好不了是因为内口位于齿状线肛隐窝处，此处极易受粪便的污染，而且粪便等污染物质会持续不断的经内口进入肛瘘瘘管，引发瘘管内感染再从外口流出。

而且由于肛管内有压力存在，无论是静息压或者收缩压都高于外界的压力，因为压力差的作用致使瘘管内感染物质的流动呈单向性，从压力高的内口向外口流动，持续不断的感染以及单向的流动导致肛瘘内口无法愈合。

所以肛瘘也无法自愈，最终需要通过手术将肛瘘瘘管完全切开使瘘管内外压力平衡，并且瘘管从基底重新生长愈合，才能完全治愈。