怀孕40天可以进行药物流产。但是在进行流产前应当进行详细检查，包括B超、血常规、凝血功能等。如果一切都符合条件，可以考虑进行药物流产。

如果孕妇存在妇科疾病，比如阴道炎，应当先进行抗感染治疗。如果不进行治疗就进行药物流产，炎症可能会进入宫腔内造成宫腔感染，引起盆腔炎、子宫内膜炎等。

在药物流产以后也要做好各方面的护理，1个月内应当禁止进行性生活，注意生理卫生。在饮食上以清淡为主，多食用富含蛋白质的食物，也要注意身体保暖，防止身体着凉，保证充足睡眠。