黑色牙结石可通过洁治术来去除。洁治术主要分为两种，一种是龈上洁治术，另一种是龈下刮治术。

龈上洁治术多数是采用超声波洗牙的方法来清除牙结石以及牙菌斑，超声波洗牙主要是利用一定频率的超声波，与牙齿表面的牙菌斑以及牙结石产生共振作用，进而使牙菌斑以及牙结石发生松动并脱落。但是对于某些安装心脏起搏器、患有凝血功能障碍性疾病的人群，不能进行超声波洗牙，可以选择手工洗牙的方式来清除牙菌斑以及牙结石。

龈下刮治术主要是用比较精细的龈下刮治器来刮除牙龈沟内的牙菌斑以及牙结石，常用于牙龈炎以及牙周炎的治疗。