三个月的婴儿流鼻涕的处理方法如下：

1.适当进行鼻腔清理。一般孩子出现流鼻涕时，可以用干净的布给孩子的鼻涕清理干净，也可以适当用一些海盐水进行清理鼻腔。对于孩子流鼻涕的症状会有清除改善的作用，避免因为流涕、鼻塞影响孩子的正常呼吸状态。

2.可以适当给孩子用一些鼻部热敷，可以用热毛巾轻轻敷到孩子的鼻翼两侧，改善孩子鼻黏膜的充血、水肿状态，可以适当改善流涕现象。

3.可以适当给孩子做鼻翼两侧的迎香穴按摩。通过按摩可以改善孩子的流涕。

如果生活护理仍然不能解决，需要到医院进行就诊。根据孩子流涕的原因针对性使用一些药物，像感冒时出现流涕，可以适当在医生指导下服用小儿感冒糖浆。如果是因为过敏原因造成的流涕，可以适当用一些抗过敏的药物进行治疗。