肛门里面疼原因也比较多，比较常见的有：

第一，肛窦炎，肛窦的开口由于是朝上的，所以在肛窦内容易积聚感染的物质刺激肛窦而产生炎症。会伴有肛门内部的隐痛，严重的会有脓性的分泌物。肛窦炎大多采取用药保守治疗，可以使用甲硝唑栓塞肛门抗炎治疗，必要时需要配合口服抗生素。

第二，肛周脓肿，有些位置偏高的肛周脓肿也会表现为肛门里面的疼痛不适。肛周脓肿都需要行手术治疗才能完全治愈。

第三，内痔局部感染或者伴血栓形成，会伴有肛门里面的疼痛不适。可以口服改善循环的药物，配合痔疮栓或者痔疮膏，控制局部症状。