慢性肠胃炎的治疗，可以根据病因选择用药治疗，包括根除幽门螺旋杆菌，有可能需要使用三联疗法或者四联疗法。

同时也需要根据患者的疾病临床表现，合理选择用药治疗。可以选择奥美拉唑，雷尼替丁等药物，适当的抑制胃酸的分泌，可以减少胃酸对胃黏膜的损伤。

假如患者的肠胃炎症状较为严重，并且通过病理学检查发现有重度不典型增生时，要给予手术治疗的方式缓解，避免癌变的可能。在手术之前需要禁食，并且要充分做好相关的准备工作。