阴蒂上长小水疱最常见的原因是出现了生殖器疱疹，通常是由单纯疱疹病毒感染导致，主要是通过直接性接触传播引起。

通常在感染后一周左右开始发病，早期会有局部的灼热、疼痛、瘙痒，然后会出现大小不等的小水疱，水疱破溃后会形成浅表溃疡，还有糜烂面。还有一种情况在阴蒂上长小水疱，考虑是炎症感染导致，通常是一些细菌感染引起。

所以在阴蒂上出现长小水疱时，建议及时到正规医院皮肤科进行检查。在医生明确诊断后，采取相应的治疗方案，同时避免吃辛辣刺激性食物。