多数马蹄肾病人无明显并发症，当合并腹主动脉瘤时可同时出现以前的表现。

慢性肾炎：可发生于任何年龄，但以青、中年男性为主。以血尿、蛋白尿、高血压、水肿为其基本表现，可有不同程度肾功能减退。

泌尿系感染：一般以腰痛、尿频、尿急、尿痛为主要特点。

肾结石：通常有腰痛，常呈放射性疼痛，牵涉龟头以及睾丸、阴唇。

疼痛为破裂前的症状，若近期出现腰部剧烈疼痛，常预示瘤体濒临破裂，破裂表现为突发腰背部剧烈疼痛，伴有休克表现，甚至死亡。