巧克力囊肿不一定要切除卵巢，巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢，导致的月经周期性疼痛。

如果女性有生育要求，可以进行囊肿剥离手术，这样就不会对卵巢内的组织造成损伤，可以正常缓解，如果囊肿比较的大，患者没有生育作用，可以选择切除卵巢，达到根治的目的。

如果切除的是双侧卵巢就会严重影响女性的内分泌，需要在医生的指导下使用药物治疗，一般在手术后需要定期的做B超检查子宫情况，抽血检查性激素六项，这样就可以知道身体的激素水平情况。