对于治疗巧克力囊肿的女性，一般情况下都不需要切除卵巢，只需要将巧克力囊肿切除。

但有极少部分女性，可能会因为卵巢巧克力囊肿特别大，而且又出现卵巢巧克力囊肿的破裂，这时就可能会引起卵巢局部的严重粘连，甚至是由于卵巢囊肿的扭转以后，间接引起卵巢局部的坏死，在手术的过程中可能需要将卵巢切除。

但是，对于没有卵巢巧克力囊肿破裂或者扭转的女性，在做手术的过程中都会保留卵巢，只是将囊肿单纯的摘除。因为如果女性切除卵巢以后就会影响到女性的生育功能。虽然，保留卵巢有可能出现复发，但是手术以后可以配合药物调理。