冠状动脉异位起源的治疗，主要是通过手术方法进行矫正。在临床上一般冠状动脉异位起源，一经发现就要及时进手术治疗，因为这类疾病如果延误治疗，死亡率极高。

手术可以改善因冠状动脉异位起源引起的心肌缺血症状，同时可预防患者发生心力衰竭以及猝死。

对于侧支循环丰富的患者，可采用异位冠状动脉结扎术进行治疗。而对于侧支循环不够丰富，多采用主动脉冠状动脉搭桥术、锁骨动脉冠状动脉吻合术，以及肺动脉、冠状动脉成形术来进行治疗。