冠状动脉异位起源一般是通过患者的症状、体征及相关的辅助检查来进行鉴别诊断，一般冠状动脉异位起源的患者可出现呼吸困难、胸痛，四肢苍白以及全身出冷汗的症状。

X线检查可发现患者心影增大，同时伴有肺部水肿征象，心电图可显示Q波ST段上升以及左心室心肌梗死表现，超声心动图可明确冠状动脉异位起源的部位，并且此方法已成为诊断冠状动脉异位起源的主要诊断方法之一。

对于超声心动图不能确诊的患者可采用心血管造影，以及心导管术进行诊断。