长期吃褪黑素的副作用是容易产生依赖性。在服用后很可能会产生头痛、头晕、精神烦躁、白天出现嗜睡等表现。还可能会导致记忆力下降、胃肠道不适，或性欲减退等副作用。

褪黑素还具有抑制排卵的作用。如果女性大量补充褪黑素，很可能会对生育能力造成影响。如果是孕妇很可能会对胎儿的发育造成影响，容易诱发胎儿畸形。

褪黑素虽然具有安神助眠的功效，可用于治疗睡眠障碍、失眠或调节时差，但一定要注意避免长期和过量服用，应在医生的指导下正确合理应用褪黑素。