舌头上有透明水疱，首先可能是口腔内感染病毒引起的。当口腔内部被病毒感染后会有疱疹出现，并且是成簇出现的，水疱是透明状的，会有疼痛的感觉，需要进行抗病毒治疗，可以服用抗病毒口服液或者利巴韦林，也可以外用药膏。

小水疱也可能是舌下腺囊肿，这与慢性炎症、饮食刺激都是有关系的。可以进行手术切除，然后进行病理检查明确诊断。

透明水疱还可能是因维生素缺乏、免疫力下降等因素引起的，需要及时治疗，并消除诱发因素。