肛门内疼痛的原因有以下一些：

第一，肛窦炎，肛窦炎为感染性疾病，会表现为肛门内疼痛不适，指诊可触及结节状肛窦。

第二，痔疮，当内痔局部糜烂或者有血栓形成时，就会导致肛门内疼痛症状。

第三，肛周脓肿，肛周脓肿属于直肠，肛管周围化脓感染性疾病，会表现为肛门周围或者肛门内剧烈的疼痛症状。

第四，肛管直肠肿瘤，肛管直肠肿瘤也会表现为肛门内疼痛症状，肛门指诊可触及质硬肿块。

另外男性的前列腺炎以及女性的生殖系统炎症也有可能放射至肛门，导致肛门内疼痛。