三个月宝宝咳嗽的时候，要根据宝宝咳嗽的症状采取一些处理措施。如果宝宝咳嗽不是很严重，可以适当给宝宝喂点白开水，稀释孩子体内的痰液。另外，可以采取拍背的方法，拍背的时候从下往上拍，可以促进痰液排出。

因为三个月的宝宝咳嗽反射比较弱，排痰比较困难，所以治疗方面还是以祛痰、化痰为主，而不是止咳。给孩子选用药物的时候，因为三个月宝宝口服药物比较困难，依从性比较差，可以选用雾化药物祛除孩子体内的痰液。

另外，如果孩子咳嗽不是很严重，可以选择口服中成药，中成药止咳化痰的药物很多，比如小儿肺热咳喘口服液或者小儿咳喘灵，都可以选择性地服用一种。如果孩子痰液比较多的情况下可以选用西药，比如易坦静口服液或者盐酸氨溴索口服液。如果孩子咳嗽比较严重，容易造成孩子出现气管炎的情况，所以要及时去医院就诊，在医生的指导下采用合理的药物进行治疗。