溶栓治疗的主要并发症为出血，发生率约1%，致死性出血发生率约1%。

其他不良反应可能包括发热、过敏反应、低血压、恶心、呕吐、肌痛、头痛、头部出血只显示皮下瘀斑，紫色或出血，血肿形成的穿刺点，静脉内溶栓后严重出血，往往是内脏器官出血、脑出血等，嗜睡、叫不应、意识障碍、黑色是最常见的消化道出血，而尿路出血是尿液中最常见的血液。

对于其他一些并发症，如感染，感染是由于术后护理方法不当，常导致穿刺部位周围皮肤感染或发高烧、局部渗出等表现。