草豆蔻和肉豆蔻在来源、外观、功效、应用、气味等方面存在区别。具体分析如下：
1.来源：
草豆蔻为姜科植物草豆蔻的干燥近成熟种子；肉豆蔻为肉豆蔻科植物肉豆蔻的种仁。
草豆蔻多生于山地、疏林、沟谷、河边及林缘湿地。肉豆蔻原产于马鲁古群岛，热带地区广泛栽培。
2.外观：
草豆蔻呈类球形，直径1.5-2.7cm，表面灰褐色至深褐色，有较密集的纵皱纹；肉豆蔻呈卵圆形或椭圆形，长2-3cm，直径1.5-2.5cm，表面灰棕色或灰黄色，有时外被白粉。
草豆蔻的种脐位于基部，而肉豆蔻的种脐位于宽端。
3.功效：
草豆蔻具有燥湿行气、温中止呕的功效；肉豆蔻具有涩肠止泻、温中行气的功效。
草豆蔻主要用于寒湿内阻、脘腹胀满冷痛、嗳气呕逆等症；肉豆蔻主要用于久泻不止、脘腹胀痛、食少呕吐等症。
4.应用：
草豆蔻常用于烹饪中，可去腥增香，如用于炖肉、煮汤等；肉豆蔻也常用于烹饪，可增加食物的风味，如用于制作甜点、肉类菜肴等。
在中药方剂中，根据病症的不同，草豆蔻和肉豆蔻也会有不同的应用。
5.气味：
草豆蔻气味芳香，味辛凉略似樟脑；肉豆蔻气味强烈芳香，味辛辣而微苦。
不同的气味也使得在应用上有所区别。草豆蔻和肉豆蔻虽然名字相似，但在多个方面存在明显差异，在使用时需要根据具体需求和特点进行选择。
