甲硝唑对胎儿可能存在一定风险，尤其在妊娠早期使用时需谨慎。现有研究数据表明，该药物可能穿过胎盘屏障，在动物实验中显示潜在致畸性，但人类研究证据尚不充分。美国食品药品监督管理局FDA将甲硝唑归为妊娠B类药物，提示动物实验未显示风险但人类研究不充分，或动物实验显示风险但人类研究未证实。
妊娠期使用甲硝唑的潜在影响与用药时机和剂量密切相关。妊娠前三个月是胎儿器官形成关键期，此时使用甲硝唑理论上可能干扰细胞分化过程。部分流行病学研究提示，妊娠早期大剂量使用可能与中枢神经系统畸形存在微弱关联，但争议较大。针对细菌性阴道病等适应症，临床权衡显示未经治疗的感染本身可能增加早产风险，因此部分指南允许妊娠中晚期短期使用。哺乳期妇女用药后，药物会分泌至乳汁，可能改变乳汁味道并影响新生儿肠道菌群。
使用甲硝唑前必须由医生严格评估获益风险比，妊娠期妇女应主动告知孕周情况。用药期间避免饮酒，防止双硫仑样反应加重肝肾负担。若出现阴道出血、剧烈腹痛等异常症状需立即就医。替代治疗方案如局部克林霉素可能适用于部分病例，但具体选择需依据病原体药敏结果。计划怀孕者建议完成治疗后再受孕，用药后至少间隔72小时再进行母乳喂养。所有用药决定应基于专业医疗机构的个性化评估，不可自行调整剂量或疗程。
