尿结石手术的部位取决于结石所在的位置。如果是肾结石，手术可能涉及肾脏区域；输尿管结石手术则主要针对输尿管部位；膀胱结石手术就在膀胱处进行；尿道结石手术就在尿道相应的部位操作。
对于肾结石，当结石较大或引起严重梗阻、感染等情况时，可能会采用经皮肾镜取石术。这种手术需要在腰部建立一条从皮肤到肾脏的通道，通过这个通道将肾镜插入肾脏，找到结石后利用激光、超声等手段将结石击碎并取出。输尿管结石常用的手术方式有输尿管镜碎石取石术，输尿管镜从尿道进入，沿着输尿管上行到达结石所在位置进行处理。膀胱结石可通过膀胱镜碎石取石，膀胱镜经尿道进入膀胱，在直视下对结石进行操作。尿道结石如果靠近尿道口，有时可直接用取石钳取出；如果位置较深，可能需要尿道镜辅助下碎石取石。
不同部位的尿结石手术有不同的操作要点和风险。例如经皮肾镜取石术虽然取石效率较高，但存在出血、感染等风险，对肾脏也有一定的损伤可能。输尿管镜碎石取石术可能会引起输尿管穿孔、撕裂等并发症。膀胱镜手术可能导致膀胱黏膜损伤、出血等。尿道结石手术如果操作不当可能造成尿道狭窄等问题。手术方式的选择需要综合考虑结石的大小、形状、位置，患者的身体状况等多方面因素，以达到最佳的治疗效果并尽量减少并发症的发生。
