嗜酸细胞性胃肠炎一般可以选择糖皮质激素类药物、抗过敏药等进行服用，而且每一类药物当中所含有的药物种类也比较多。

具体的药物种类需要在医生面诊后根据患者的具体情况进行判断，也不能够自行盲目服用药物，以免选择的药物及剂量不当对身体造成副作用。对于嗜酸细胞性胃肠炎的患者，如果经过药物治疗无效时，也可以进行胃次全切、肠段切除或者是进行胃肠吻合术。

另外，中医对于治疗嗜酸细胞性胃肠炎，也可以作为一种干预手段。