一觉醒来肩膀酸痛，原因有以下几点：

1.前一天因为扭伤或者劳累造成了肩膀的急性损伤，包括软组织挫伤，肌肉粘连、渗出，可能有轻微的关节囊渗液，会出现酸痛的情况。

2.长期有慢性劳损，这种情况可有肌肉粘连、僵硬，有乳酸堆积、肩袖损伤，甚至有韧带钙化已经有积液的情况。

3.软组织伴随骨质损伤，两者相互都有，有韧带钙化、关节增生。

4.这种酸痛还有其他的疾病影响，像颈椎病引起的放射痛以及像胆囊炎、心脏疾病、肺部疾病造成的肩膀放射痛，这些都需要检查清楚以后对症治疗。