卵巢巧克力囊肿是良性病变，恶变的几率非常小，绝经以后的恶变率一般在1%~2.5%之间，绝经之前恶变率≤1%，恶变的概率虽然不大，但是不能完全排除。

另外，这种病也很容易复发，即便是采取手术治疗，如果术后没有其他的预防措施，在术后5年大约50%左右的女性会复发。

卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜异位症，只是异位的部位发生于卵巢，对女性的生活质量影响非常大。因为囊肿会破坏卵巢的功能，导致卵巢储备功能下降，很多女性还会合并不孕不育等疾病。