巧克力囊肿一般不会发生癌变。巧克力囊肿发生癌变的几率，和子宫内膜癌的发生几率是差不多的。

所以检查到有巧克力囊肿，也不需要过度紧张。只要是体积不太大的情况，没有任何症状，也并没有因此而造成不孕症，一般是继续定期检查就可以了。但是如果是体积偏大或者是造成不孕症，或者是发生了扭转，或者是生长的速度比较快等情况，就必须接受手术治疗了。

卵巢巧克力囊肿属于雌激素依赖性疾病，也有的病灶很小，会等到绝经之后自动萎缩到消失，但是也是需要定期的进行复查。