肛瘘手术以后出现肛门疼痛是比较常见的术后反应。主要由于手术过程中将肛瘘瘘管切除，或者进行切开引流，手术创面敞开，排便时会刺激肛门出现疼痛，需要采取以下措施：

首先，为了预防肛门疼痛，在手术过程中，医生会在手术区域注射长效麻醉药物，帮助患者改善手术区域疼痛症状。

其次，手术后需要在医生指导下服用镇痛药物，帮助患者缓解疼痛，主要以非甾体抗炎药为主。

最后，在恢复过程中一定要指导患者合理膳食，多吃一些润肠通便的食物，这样能够保持大便通畅，也就减轻了排便时粪便对伤口的刺激，缓解肛门疼痛症状。另外，在保持大便通畅的基础上，也要多吃一些优质高蛋白食物，伤口早期愈合也能够改善疼痛情况。