肛瘘的治疗方法，有药物治疗和手术治疗两种。药物治疗只能暂时的缓解症状，手术治疗才能根治。手术的原则是将瘘管彻底的切除或者是切开，形成敞开的创面。促进愈合。主要手术方式有：

1.瘘管切除术：一般用于低位肛瘘，术后的效果比较好，极少会复发。

2.挂线治疗：一般适用于治疗距离肛门3到5厘米，甚至更远的有内口和外口的低位或者是高位的单纯性肛瘘，或者作为复杂性肛瘘的切开、切除的辅助性治疗使用。这种治疗措施，具有不会造成严重的肛门失禁。同时，具有操作简单、出血少、换药痛苦小的优点。