黑头粉刺样痣想要进行鉴别，最常见的是根据皮肤表面的鳞状外观形态进行鉴别。有必要的时候，也可以选择做皮肤病理学进行更加深层次的鉴别。

容易与黑头粉刺样痣相互混淆的疾病，有新生儿痤疮、寻常痤疮以及线状的表皮痣。其中，新生儿痤疮主要是以新生儿比较多见，在颜面、颈部出现了一些粉刺、丘疹，但是一般可以自愈。而寻常痤疮则是在青春期前后或成人之后出现的一些炎性的丘疹，范围比较广泛，非常容易复发。

而线状的表皮痣表面虽然也是呈现粉刺样痣的损害，但是绝大多数是呈线状分布，与黑头粉刺样痣的发病过程、外观形态都不一样。