衣原体感染和细菌感染，在感染病原微生物种类、临床症状以及治疗方面均存在一定差异。

衣原体感染病原体为衣原体，不同的衣原体分型所诱发的疾病也存在一定区别，如沙眼衣原体、肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体等，可选择大环内酯类药物进行治疗。

细菌感染病原体为细菌，同样种类较多，如金黄色葡萄球菌、大肠杆菌等，一般血常规检查可提示白细胞总数升高，可进行细菌培养检查，根据病原微生物情况选择敏感抗生素进行抗感染治疗。