怀孕三个月出现肚子左上方疼痛，主要考虑消化系统疾病。怀孕三个月时子宫仍位于盆腔内，尚未进入腹腔，所以腹腔内的疼痛与妊娠通常没有直接关系。

可以通过相关检查，例如肝胆脾胰的B超，了解相应的器官有无出现病变，再确定具体的治疗方式。在药物选择方面，主要要咨询医生的意见，选择对妊娠影响较小的药物进行治疗。对于某些疾病，必要时还需要进行手术治疗。

怀孕三个月时妊娠组织的器官分化已经基本完成，进行手术及药物治疗的影响相对较小。在治疗后可以进行预防性的保胎治疗，避免出现流产的情况。