吃辣椒喉咙就疼，主要有以下的原因：

1.辣椒中含有大量的辣椒素，吃完辣椒之后，辣椒素刺激咽喉部黏膜，诱发黏膜出现充血、水肿，甚至容易出现局部溃烂等相关的病情。这就有可能会导致患者出现喉咙疼的表现。

2.原本有慢性咽喉炎、慢性扁桃体炎、咽喉部的溃疡、疱疹性咽峡炎等相关的疾病。吃完辣椒之后导致上述病情加重，从而出现喉咙痛。临床上患者吃完辣椒之后喉咙疼，建议适当喝一些温凉的开水，促进辣椒素的排泄，同时建议上当地医院耳鼻喉科门诊检查咽喉部的情况，进行对症处理。