咳嗽感觉两边腰肾疼，首先需要针对咳嗽进行处理，可以使用一些止咳的药物，比如肺力咳胶囊等。

需要查明咳嗽的原因，给予相应治疗。如果是肺炎引起的，一般需要使用敏感的抗生素。如果患者是咳嗽变异性哮喘，往往需要吸入布地奈德福莫特罗等相关的药物进行治疗。通过这些处理，咳嗽的症状得到减轻，咳嗽诱发腰肾疼的现象也会得到改善。

另外也需要指出，咳嗽本身很少会导致腰肾疼的情况，如果咳嗽时出现腰肾疼这种现象，还需要警惕是否存在其他一些相关的疾病，这些也是需要治疗的。比如泌尿系结石、泌尿系感染，或者存在腰背部肌肉拉伤等。所以可能还需要去泌尿外科、骨科等相关的科室排查上述这些疾病，给予针对性治疗。