每天睡觉起来肩膀疼的原因：

首先，白天因为过度的劳损或者扭伤，造成的肩膀局部肌肉外伤或者炎症物质渗出。如果劳损比较严重，渗出比较多，在经过一夜休息之后并不能完全缓解，在早晨起来的时候仍然会有疼痛和不适。

其次，肩膀既往有慢性的劳损。劳损既包括肌肉的僵硬、粘连、渗出，也包括关节囊的炎症、滑膜炎、肩袖损伤，以及一些骨科的疾病、肩峰的关节炎和肩关节的韧带损伤等。慢性的劳损在晨起时都会有血液循环不好、僵硬，或者有疼痛的情况，需要经过一定的活动或者进行一定适应以后才会出现疼痛减轻的情况。

还需要排除一些颈椎病刺激神经造成的肩膀疼，因为夜间睡眠姿势不当造成了疼痛，都需要检查清楚以后对症治疗。