巧克力囊肿也就是卵巢子宫内膜异位的囊肿，若是没有及时治疗是会存在一定癌变的可能性，但是经对症的治疗后一般情况下是不会癌变的，癌变的几率较小，大约在1%。

所以要定期到医院做妇科检查，随时了解身体状态。做彩色B超检查时发现卵巢子宫内膜异位囊肿的存在，可及时进行对症的治疗。

如果囊肿比较大可在医生的建议下进行手术治疗，具体是用药物治疗还是进行手术治疗可结合患者的年龄、具体有没有生育要求，以及病变的性质等来进行综合考虑，从而选择相应的治疗方式，做到个体化的治疗。