如果血HCG已经达到5000mIU的情况下，通过B超检查仍然看不到妊娠囊，有可能是以下原因导致的。

第一个就是有可能是宫外孕所引起的。因为正常情况下，如果血HCG能达到这个数值的情况下。基本上在宫内是可以看到妊娠囊的，只是在宫外孕早期的时候，通过B超检查，往往在宫内宫外都看不到妊娠囊，就建议可以继续监测血HCG。

如果隔一天血HCG的值没有出现翻倍上升，只是上升一点点，就高度怀疑是宫外孕，必要的时候再做B超检查，直到看到妊娠囊的位置，然后积极地给予相应的处理，在临床上通常采用手术的方法给予治疗。

第二个就有可能是已经流产所导致的。比如说病人在日常生活中曾经有阴道流血的病史，自己并没有留意到妊娠囊已经排出宫腔之外。

所以这个时候通过B超检查是看不到妊娠囊的，但是子宫相对来说会出现轻微增大的现象，并且通过血HCG 的检测，往往血HCG会出现明显的下降，这样临床可以初步的诊断已经完全流产，并且建议定期地去医院做相应的复查。