性交疼痛不一定是出现了巧克力囊肿，可能是其它疾病引发，也有可能是巧克力囊肿导致，需要及时去医院进行检查，确诊疾病。

部分女性在性交的过程中出现性交疼痛可能是阴道炎、盆腔炎、附件炎等各种疾病导致。同时还有可能是子宫肌瘤、子宫内膜异位症或子宫腺肌症等各种疾病引发。也不能完全排除恶性肿瘤，比如出现子宫内膜癌、宫颈癌等各种疾病之后也会产生性交疼痛。

因此，最好先去医院进行B超检查，确诊疾病类型，再来进行对症治疗，避免盲目用药，耽误病情。