睡醒后颈肩部筋疼，可以考虑以下几方面原因：

1.颈椎病所引起。睡觉时患者枕得过高，出现颈椎受力，变形加重。变形的颈椎间盘压迫了支配肩部神经根及硬膜囊，相应的脊神经分布部位，如肩部及颈部，在睡醒后就会出现疼痛。

2.肩部筋膜炎及颈椎棘上韧带或棘间韧带炎，也会导致患者出现颈肩部的筋疼表现。

3.睡觉时落枕，也会出现睡醒后颈肩疼痛。因为睡觉时有时姿势不正确，使颈椎一直处于前屈位，出现局部肌肉紧张、关节错位，导致肌肉无菌性水肿，出现肩颈部位的疼痛现象。