引起大姨妈时腰痛的原因有很多，主要有以下几个方面：

首先，由于子宫本身的原因，如子宫位置不当、过度前倾、后屈等及宫颈和宫腔曲度过大等原因，造成月经时经血排出不畅，阻力较大可引起原发性痛经，造成子宫剧烈收缩，从而压迫到腰骶部产生经期腰部疼痛。

其次，宫颈炎、盆腔炎、子宫内膜移位症等疾病，在来大姨妈时有加重的倾向，甚至可以影响到腰骶部，从而产生疼痛。

再次，从中医角度，气虚血瘀、气滞血瘀、受寒着凉等原因可引起来大姨妈时，腰部气血瘀滞、气机不通、不通则痛，从而产生疼痛等症状。

所以来大姨妈时，应注意腰腹部的防寒保暖，同时可以在中医师的指导下服用一些中药。