新生儿肝炎会影响苯丙氨酸值。

苯丙氨酸是一种人体无法合成的氨基酸，其代谢主要是在肝脏内代谢。而如果新生儿肝炎发作，肝脏处于炎症状态，其代谢功能受到影响，可能会使苯丙氨酸代谢部分障碍，因此会使血液中的苯丙氨酸值上升。

苯丙氨酸在临床上和儿童的苯丙酮尿症相关，苯丙酮尿症是指苯丙酮尿症患儿先天性缺乏一种苯丙氨酸代谢酶，因此会使血液中的苯丙氨酸数值极度增高，从而进一步影响神经系统的发育。

所以，对于新生儿肝炎出现苯丙氨酸的增高，还需要进一步鉴别是否苯丙酮尿症，可以查基因诊断进行鉴别。