月经量少伴有痛经的原因，有可能是卵巢功能异常，比如多囊卵巢综合征、高泌乳素血症、甲状腺功能低下，有可能会导致月经量减少，但是由于月经血中的前列腺素水平升高也会导致痛经。

还有一些人因为精神压力过大、过于紧张也会引起月经量少，而且痛经症状特别明显，或者是卵巢巧克力囊肿影响了卵巢的分泌功能，导致月经量少伴有痛经，正常的月经受大脑皮层下丘脑垂体卵巢的调控。

任何一个环节出现障碍都会影响卵巢的分泌功能，导致月经量减少或者月经紊乱，一些子宫内膜异位症会导致痛经，也有很多是原发性痛经，即使月经量少也会出现痛经的症状。